В 2003 году инспекция была передана в ведение МЧС России. После этого ГИМС МЧС России стала не только осуществлять государственный надзор за маломерными судами и базами для их стоянок и их пользованием во внутренних водах и территориальных морях Российской Федерации, но также обеспечивать в пределах своей компетенции безопасность людей на водных объектах, в том числе осуществляя надзор за пляжами, ледовыми переправами и наплавными мостами, проводя аттестацию на право управления маломерными судами.
Сейчас работа инспекторов ГИМС строится в тесном взаимодействии с должностными лицами органов внутренних дел, прокуратуры, рыбоохраны (проводятся совместные плановые рейды, патрулирование и пр.).
Сотрудники инспекции принимают активное участие в учениях МЧС России и территориальных подсистем Единой государственной системы предупреждения и ликвидации чрезвычайных ситуаций (РСЧС).
Праздничный день сотрудники ГИМС встречают на «рабочих» местах - в рейдах и проверках, организуют мероприятия направленные на обучение населения безопасному поведению на водных объектах. В этом году Государственная инспекция по маломерным судам МЧС России отмечает свою 36-летнюю годовщину со дня образования.
